ชาไข่มุก มีส่วนผสมของน้ำตาลค่อนข้างสูงจึงเป็นเครื่องดื่มที่ไม่ดีต่อสุขภาพมากที่สุด แต่ชานมไข่มุกก็ยังได้รับความนิยมเป็นอย่างมาก ยิ่งสำหรับสาวๆที่ชอบทานน้ำตาล ถ้าหากกินน้ำตาลมากไปก็จะทำให้ผิวเสียเพราะอีลาสติกถูกทำลายลงก็จะทำให้ผิวหนังแห้ง มีริ้วรอยลึก และยังเพิ่มความเสี่ยงในการเป็นโรคไม่ติดต่อเรื้อรัง ดังนี้
โรคเบาหวาน
การกินน้ำตาลมากเกินความต้องการของร่างกายก็ทำให้เกิดโรคภัยมากมาย เช่น โรคเบาหวาน ปริมาณน้ำตาลที่ร่างกายต้องการในแต่ละวันสำหรับผู้หญิงไม่ควรเกิน 6 ช้อนชา และผู้ชายบริโภคได้ไม่เกิน 9 ช้อนชา ซึ่งชาไข่มุกเพียงแก้วเดียว มีน้ำตาลมากกว่า 18.5 ช้อนชา โดยเฉพาะไข่มุกที่ถูกแช่ในน้ำเชื่อมจนหวานเจี๊ยบ
โรคอ้วนลงพุง
โรคอ้วนลงพุงเกิดจากการไม่ออกกำลังกายและการกินอาหารที่มีน้ำตาลมากเกินไป ชาไข่มุก เพียง 1 แก้ว ให้พลังงานสูงถึง 240 – 400 กิโลแคลอรี เทียบเท่ากับการรับประทานอาหารได้หนึ่งจาน เมื่อร่างกายของเราเผาผลาญพลังงานไม่หมดน้ำตาลก็จะถูกเปลี่ยนเป็นไขมันทำให้ไปสะสมตามส่วนต่างๆของร่างกายอย่าง สะโพก ก้น ขา หน้าท้อง สุดท้ายกลายเป็นโรคอ้วน
โรคความดันโลหิตสูง
การดื่มชาไข่มุกทำให้ร่างกายได้รับน้ำตาลมากเกินไปจนส่งผลทำให้เป็นโรคความดันโลหิต อีกทั้งผู้ที่มีน้ำหนักตัวเกินและโรคอ้วนทำให้มีความเสี่ยงโรคไม่ติดต่อเรื้อรัง เช่น ความดันโลหิตสูง มากกว่าคนปกติเพราะส่งผลให้เกิดภาวะไขมันเกาะผนังหลอดเลือด
โรคหลอดเลือดหัวใจ
ชาไข่มุก 1 แก้ว ประกอบด้วยชา ครีมเทียม น้ำตาลทราย จึงมีปริมาณน้ำตาลสูง ไขมันอิ่มตัว ไขมันทรานส์จากครีมเทียม จึงเป็นการเพิ่มความเสี่ยงในการเกิดโรคหลอดเลือดหัวใจ ได้มีการทดสอบวัดระดับน้ำตาลในเลือดหลังจากดื่มชามุก 1 แก้ว พบว่าค่าไตรกลีเซอไรด์ในเลือดพุ่งสูงปรี๊ด และยังไปลดปริมาณไขมันชนิดดี (HDL) จึงเป็นสาเหตุให้เกิดโรคหลอดเลือดหัวใจนั่นเอง